纪委立案调查程序：
1、问明情况，制作笔录；
2、经审查认为有犯罪事实需要追究刑事责任，且属于自己管辖的，经县级以上机关负责人批准立案。
一、纪检立案的条件
党员和党组织存在违纪事实，是纪委立案的前提条件;需要对违纪者追究党纪责任是纪委立案的法规条件。以上两个条件缺一不可。
纪委立案的依据是《案件检查工作条例》第十六条规定：“对检举、控告以及发现的党员或党组织的违纪问题，经初步核实，确有违纪事实，并需要追究党纪责任的，按照规定的权限和程序办理立案手续”
决定立案与否的关键是看违纪事实是否存在，证据是否充分可靠，需不需要追究党纪责任。
二、需要配合调查，如涉及刑事犯罪，会移送或者门处理。纪委立案后的程序如下：
1.调查：立案后，转入纪委调查阶段，案件调查的时限为3个月，必要时可延长1个月。案情重大或复杂的案件，在延长期内仍不能查结的，可报经立案机关批准后延长调查时间。
2.移送审理：案件调查终结后，纪委对违规违纪行为作出处罚决定。如还存在违法行为，移交司法部门作进一步调查和处理。
3.公诉和判刑：是最后确定落马贪腐分子罪行的过程，贪腐案件的处理过程至此结束。
三、纪检的立案标准为：对检举、控告以及发现的党员或党组织的违纪问题，经初步核实，确有违纪事实，并需要追究党纪责任的，按照规定的权限和程序办理立案手续。
法律依据
《中华人民共和国》第四十一条 中华人民共和国公民对于任何国家机关和国家工作人员，有提出批评和建议的权利；对于任何国家机关和国家工作人员的违法失职行为，有向有关国家机关提出申诉、控告或者检举的权利，但是不得捏造或者歪曲事实进行诬告陷害。
对于公民的申诉、控告或者检举，有关国家机关必须查清事实，负责处理。任何人不得压制和打击报复。
由于国家机关和国家工作人员侵犯公民权利而受到损失的人，有依照法律规定取得赔偿的权利。
