（1）在侦查期间，发现犯罪嫌疑人另有重要罪行的，自发现之日起恢复计算羁押期限。
重新计算羁押期限的，由机关决定，不再经批准。但须报备案，并受监督。
另有重要罪行是指与逮捕时的罪行不同种的重大犯罪和同种的将影响罪名认定、量刑档次的重大犯罪。
（2）犯罪嫌疑人不讲真实姓名、住址，身份不明的，侦查羁押期限自查清其身份之日起计算，但不得停止对其犯罪行为的侦查取证。对于犯罪事实清楚，证据确实、充分的，也可以按其自报的姓名移送审查起诉。
（3）对被羁押的犯罪嫌疑人作精神病鉴定的时间，不计入侦查羁押期限。其他鉴定时间则应当计入羁押期限。对于因鉴定时间较长，办案期限届满仍不能终结的案件，自期限届满之日起，应当对被羁押的犯罪嫌疑人变更强制措施，改为取保候审或监视居住。
一、羁押期限
侦查中的羁押期限，是指犯罪嫌疑人在侦查中被逮捕以后到侦查终结的期限。根据刑事诉讼法和六机关《规定》的规定，侦查中的羁押期限可以分为一般羁押期限、特殊羁押期限和重新计算的羁押期限三种。
一般羁押期限
一般羁押期限《刑事诉讼法》第154条规定：对犯罪嫌疑人逮捕后的侦查羁押期限不得超过两个月。如果犯罪嫌疑人在逮捕以前已被拘留的，拘留的期限不包括在侦查羁押期限之内。一般情况下，侦查机关应当在法律规定的侦查羁押期限内侦查终结案件。
特殊羁押期限
特殊羁押期限，意指侦查羁押期限的延长，但必须符合法定条件并履行相应的审批手续和程序。主要情况有：
1、根据《刑事诉讼法》第154条的规定，案情复杂、期限届满不能终结的案件，可以经上一级人民批准延长1个月。
2、根据《刑事诉讼法》第155条的规定，因为特殊原因，在较长时间内不宜交付审判的特别重大复杂的案件，由最高请全国人民代表大会常务委员会批推延期审理。
3、根据《刑事诉讼法》第156条的规定，下列案件在《刑事诉讼法》第154条的规定的期限届满仍不能侦查终结的案件，经省、自治区、直辖市人民批准或者决定，可以延长2个月：（1）交通十分不便的边远地区的重大复杂案件；（2）重大的犯罪集团案件；（3）流窜作案的重大复杂案件；（4）犯罪涉及面广，取证困难的重大复杂案件。
4、根据《刑事诉讼法》第157条的规定，对犯罪嫌疑人可能判处10年有期徒刑以上刑罚，依照本法第156条规定延长期限届满，仍不能侦查终结的，经省、自治区、直辖市人民批准或者决定，可以再延长2个月。
根据六机关《规定》第30条、第31条的规定，机关对案件提请延长羁押期限时，应当在羁押期限届满7日前提出，并书面呈报延长羁押期限案件的主要案情和延长羁押期限的具体理由，人民应当在羁押期限届满前作出决定。最高人民直接立案侦查的案件，符合《刑事诉讼法》第154条、156条和
157条规定的条件，需要延长犯罪嫌疑人侦查羁押期限的，由最高人民依法决定。
二、羁押、拘留和逮捕的区别
拘留是在未批准逮捕以前，在法定的条件下，对需要进行侦查的人犯采取的一种紧急措施，而且只有机关才能行使拘留。
羁押则是在人民决定逮捕或者人民批准逮捕，并且实施逮捕以后把人犯羁押起来；执行逮捕的机关，即人民、人民和机关，都可以在逮捕人犯后实施羁押。
逮捕是、批准或决定，机关执行的，对有证据证明有犯罪事实，可能判处徒刑以上刑罚的犯罪嫌疑人、被告人在一定时间内完全剥夺人身自由的强制措施。
